本系的實驗室，雖名為實驗室，但主要功能並不在提供學生「做實驗」，而是提供學生進行「畢業專題製作」之用，全系實驗室的發展沿革大致如下：

首先，本系於94學年度成立「醫療資訊應用」、「企業資訊系統」、「資料庫應用」及「多媒體應用」等四間專業實驗室，並為因應考照需求，成立「專業認證實驗室」，提供學生進行考照模擬練習以及教師幫學生舉辦考照研習課程的空間。

95學年度改名科大後，本系發展方向明確區分為三大主軸，為使系上資源能與系上發展方向密切結合，本系將所有教師與專業實驗室依照三大主軸進行分類，在「健康e人生」主軸下配置有「醫療資訊應用實驗室」；「永續e企業」主軸下配置有「企業資訊系統實驗室」；「創新e服務」主軸則配置「多媒體應用實驗室」。

96學年度，學校新建圖資大樓完工，電算中心搬遷到新圖資大樓，資管系自此擁有完整的系館，空間大幅擴增。有鑑於原本各實驗室容納的學生數實在過多，於是增設「網路應用」與「數位應用」實驗室。

100學年度，因應學校拓展數位化學習、遠距教學及遠距照護，並配合電算中心各電腦教室及資訊系統朝向雲端與虛擬化技術發展，本系各實驗室調整為「健康資訊實驗室」、「遠距照護實驗室」、「企業資訊系統實驗室」、「雲端與虛擬化應用實驗室」、「數位應用發展實驗室」及「多媒體應用實驗室」等六間專業實驗室。
在新實驗室成立之後，本系的專業實驗室與系發展目標之間的連結更為明確，每個發展主軸均搭配有兩間專業實驗室。

1. 健康e人生：健康資訊實驗室、遠距照護實驗室。
2. 永續e企業：企業資訊系統實驗室、雲端與虛擬化應用實驗室。
3. 創新e服務：多媒體應用實驗室、數位應用發展實驗室。
　

除此之外，透過家長的反應，本系也了解到由一般高中申請入學的新生，由於過去未受過電腦硬體裝修的訓練，因此在電腦的操作與使用上普遍有畏懼的現象。為了幫助學生克服障礙，也為了響應政府的節能減碳政策，本系於96 學年度特增開「電腦硬體裝修」課程，並成立「硬體裝修練習室」，提供選修電腦硬體裝修課程的學生一個實際拆裝機器的空間，也讓系上的報廢電腦能有再利用的機會。